「ひみつの花園」で、サンショクシジミにピクミンを当てること。
1匹10点相当であるため、ハイスコア狙いでは多く落とすことが必須であるが、サンショクシジミは合計24匹、なおかつ集団に近づいてから一定時間で飛び去ってしまうので難しい。
・ピクミンN匹でシューティングに挑むことを「N匹シューティング」という。
・シジミを全て落とすことを「全討伐」、M匹に逃げられてしまうことを「M匹逃し」という。
・ピクミンが当たって落ちている途中のシジミにも接触判定があり、シューティングを妨げている。
そのため同じシジミに複数ピクミンが付かないよう、でたらめに投げる技術が問われる。